A história desta igreja remonta ao século XIII quando D. Urraca, mulher do rei D. Afonso II, doou aos Franciscanos, acabados de chegar a Portugal, a ermida de Santo Antão, que então ali existia.
Nesta pequena comunidade religiosa fez os seus votos Fernando de Bulhões, mais conhecido como Santo António. Após a sua canonização, os Franciscanos mudaram-se para Convento de São Francisco da Ponte, sito em Santa Clara. A partir desse momento a igreja foi consagrada ao santo casamenteiro, em detrimento de Santo Antão. Este edifício do século XVIII atualmente tem características barrocas. Salienta-se uma arcada composta por três vãos de volta perfeita que precede a escadaria que dá acesso à igreja. No cimo do arco central encontra-se um nicho que acolhe uma imagem de Santo António. No seu interior, merecem destaque os azulejos azuis e brancos, do século XVIII, com cenas alusivas à vida de Santo António. No exterior destacam-se as capelas da paixão, bem preservadas, com imagens de barro.